Michael83, если схема аппарата есть - то выкладывай, будем посмотреть. Если схемы нет - то возможны варианты:
1. Как в кларике - сигнал с СД идет в виде SPDif. тогда просто разрываем, и подключаем. НО! USB модуль находится на CD приводе, и сигнал с флешки идет через тот же SPDif, что и сигнал с диска.
2. Как в пионере - с привода выходит не SPDif, а i2s. В таком случае подключиться гораздо сложнее.

В любом случае - наличие схемы существенно упрощает поиски!

К сожалению схему найти так и не смог :(

Без схемы сложно что-то сказать. Разве что вскрывать и смотреть лично. Но для этого нужен человек, который знает что делает и что ищет. А главное - разбирается в предмете.

Выдайте кто-нибудь резюме: если я подключу аналоговый выход аудиокарты своего РС на вход Alpine-117 (в ней есть встроенный процессор), значит ли это что сигнал будет также обрабатываться процессором ?

Ну так ты же на ВХОД подсоединяешь!