Итак. Приехала другая матрица, подключил, работает отлично, изображение развёрнуто на всю панель, разрешение 800*480.

Жаль "случайно" удалил оригинальную прошивку контроллера (которую забекапил перед прошивкой сторонней), может быть и на ней всё работало бы. Но в любом случае, естественно, ещё раз спасибо ув. Leobor за прошивку.

Вряд ли. У меня есть такие "оригинальные" - ничего путевого среди них нет.
И вообще именно эта версия контроллера скорее всего рассчитана на HDMI монитор для просмотра видеоконтента (на фильмах или на приставке для цифрового ТВ все нормально смотрится), а не интерфейса компьютера.