Это предположение или 100% опыт по моим симптомам? Просто вообще не хочется отять провода резать. Темболее отг

Это предположение, не чего не делайте.

Не хотел обидеть :)

Дело не в этом. Дело в том что я действительно не уверен на все 100%. Есть проблема на 2012-ом при вашей схеме включения с нуля. И насколько я помню это лечится именно так (было у меня это давно), или подачей питания на USB нексуса перед подачей питания вместо батареи нексуса.
Под рукой его нет по-этому проверить не могу.
НО Вы все равно рано или поздно придёте к тому что нужно будет разрывать огт что бы перефирия корректно цеплялась.
А с таким подходом: читать не хочу, поиск не ищет, пробовать не буду Вы долго ещё строить будете.

Upd: проверить то просто. Отключите шнур отг и включайте планшет.

Отг (4 и 5 контакты замкнуты) нужно включать после того, как планшет загрузится. 2012 Нексус при загрузке с хабом первым делом инициализирует устройства в usb, а потом уже свои внутренние. Из-за этого меняется их номер в системе. Это в первую очередь касается ардуино и 3G модуля - tty устройства меняются номерами, поэтому модуль связи не работает. Та же ерунда получается с usb-аудио: отключается внутренний звук, для чего libtinyalsa и переписывали.

Про ОТГ не совсем понятно. Если я рву зеленый (D+) провод который идет от хаба к отг, USB устройства же не определяться?

И вопрос открыт: Почему же при включении иногда происходит "двойная" загрузка бутлоадера?

Схему питания ещё бы глянуть. На чем питание построено?

Схема элементарная:
1. nsd10-12s5 включается от ACC, питает хаб и планшет
2. через 20 сек. arduino соединяет d+

Ребят, что ж у вас все так сложно?
Nexus 7 1gn WiFi прошивка от Тимура. Батарея отсутствует. хаб самый простой с доп питанием, отг самое простое (USB мама - microUSB папа). питание от 2-х понижающих DC-DC на основе LM2569S. На планшет вместо батареи подаю 4,2В, на хаб 5,1В. планшет запитан на постоянку от провода в колодке к магнитоле (у меня желтый), хаб от AСС. В хабе HDD 500 Гб seagate + Sound blaster play. при выключении АСС питание на хаб отключается, фирменная прога Тимура PowerEventMgr срабатывает четко и переводит планшет в спящий режим, при включении АСС хаб сам подает сигнал планшету и он мгновенно включается, при этом периферия вся работает так же мгновенно!!!! никаких ардуин, никаких таскеров и автомейтов, никаких реле времени и задержек - все четко! В настройках проши тимура Firm sleep - вкл.

=) поздравляю. Но как и уже писал у каждого свои понятия нормальной работы. если бы мне были нужны только звук и флешки я бы уже давно ездил с рабочей системой звук и флешки по сути из коробки работают.
но вот мало этого нужно еще кнопки на руле, камеру ЗХ, в идеале камер переднего хода и т.д.
и вот тогда начинаются заморочки