Материнская
 

любую ли материнку можно использовать ли в машине?

Любую которую сможешь запитать.

А в чем может выразиться проблема с запиткой?

не все матери имеют стандартный разъем питания.
В некоторых баребонах и брендовых компьютерах применяется свой блок питания и свои разъемы. Авто блоки питания делаются со стандартными АТХ-ными разъемами.

А как отличить? Если выбирать на том же никсе мать

Если покупаешь мать отдельно, то любую. Нестандарты появляются если выдирать из какого-нибуть хитрого компа....

А вообще смотри спецификацию на мать - там всегда все подробно описано. Не краткое описание у продавца, а на сайте производителя ищи пдф-ку.
А что камень уже подобран? Тока мать осталось купить? Вариант - почитай конфигурации в "проектах" - там расписано какая мать у кого стоит. Почитай отзывы на мать на различных форумах железячных - насколько она безглючна. Посмотри какие интерфейсы тебе нужны (я например искал с 2-мя com минимум). Ну короче обычный подбор железа.
Если дома ты ее запитаешь, то и в машине запустишь:)