Вообще-то системные писки при загрузке матери выдают через встроенный минидинамик, он пищать громко не может, и понятное дело этот звук через усилитель не идет
Скорее всего это звук от инициализации звуковухи. Решается просто - надо ставить задержку включения усилителя, пока винда не загрузится, обычно секунд 20. У мастеркитовского усила есть remote. Если в системе стоит нормальный автомобильный БП - он может выдавать нужный сигнал на remote усила с нужной задержкой.
Подробнее - руки в ноги и в поиск.