Багажник плох тем, что сильно увеличивается длина силовых и сигнальных проводов.
Бардачек - тем, что маленькое замкнутое пространство, сложнее сделать охлаждение, особенно если комп "горячий".
Что касается "под сиденьем" - наверное тоже минусы у такого расположения есть, но пыль в эти минусы не входит. Ну, при условии что машина в кемел-троффи не будет использоваться
