На мой взгляд 99.9(9)% что это из-за механического HDD. Дома на столе тоже проблемы после "спячки" наступают? Если запустить тест в Victoria и потрясти диском, то тоже появляются зеленые и красные квадратики и хард начинает тупить. Что же произойдет, если хард будет писать данные при тряске в машине? У Вас часом не дизельная Alfa? Если есть возможность поставить на систему SSD - то хуже не будет, а простой хард можно оставить для хранения мультимедиа, только для чтения

Если нет денег на SSD, то попробовать сделать амортизирующий подвес для диска, типа как в CD-чейнджерах. Тем более, что в
WD Scorpio Blue нет технологии
RAFF. Диск-то хоть 2,5" ?
PS: Для защиты от вибраций в дисках WD Raptor и RAID Edition используется технология
RAFF (Rotary Acceleration Feed Forward).
В системе всегда есть вибрация. Не бывает так, чтобы диск не дрожал. Чем больше растет плотность записи на диск, тем ближе друг к другу находятся дорожки и тем важнее, чтобы при вибрации головка с дорожки не соскакивала. Начиная с какого-то времени, это стало актуально. Первым диском, на котором отрабатывалась эта технология, был флагман - WD Raptor. Сейчас она также используется в дисках RAID Edition второго поколения.
Суть технологии RAFF заключается в том, что на диски ставится 2 датчика, которые измеряют, как диск вибрирует. Зная, как корпус диска трясся в предыдущие, допустим, 100 мс, можно предвидеть будущее примерно на 3-5 мс вперед и заранее дергать головку туда, куда, по нашему мнению, дернется диск. Таким образом, если у диска работает технология RAFF, он может работать при таких вибрациях (работать - значит держать головку на дорожке), при которых другие диски уже просто не работают. То есть если мы начинаем понемногу усиливать вибрацию, то производительность диска начинает потихонечку падать, потому что головка все чаще и чаще оказывается не на дорожке. Обычно это плавный график, уходящий до нуля. У Raptor производительность падает на 3-10% в условиях, при которых другие диски вообще перестают работать.