С водой в багажнике - похоже на системную проблему 2го кузова. У себя вылечил, когда тотальную шумку делал. О местах возможных протечек по косточкам здесь обсосали:
http://club-lexus.ru/forum/viewtopic...20&per_page=15
По поводу места для компа - считаю лучшим решением между задними сиденьями и багажником, там где штатный усилитель стоит, но левее его - там и ATX плата свободно встанет и с вентиляцией проблем нет. Доступ удобный (на посмотреть и подшаманить), когда заднее сиденье максимально вперед сдвинуто - нужно только ковер открыть.