Я долго думал нужен ли второй аккум, и решил что нужен:
- нет необходимости в большой конденсаторе для звука - аккум рядом вместо него
- основной аккум всегда бодр

и не страшно оставлять на день на стоянке с включенной регистрацией
- при заводке двигателя нет бросков в питании
Многие используют материнки от ноутбуков в качестве CarPC, поэтому я бы при разработке контроллера учитывал и такую область применения. Аккум у меня от бесперебойника на 17Ач и комп мой потребляет порядка 10-14 Вт в зависимости от нагрузки, что позволяет оставлять его включенным на день на стоянке.
Поэтому если возможно, то я бы сделал так - при разряде ниже 10.5 В выключать(засыпать) комп, а включать (будить) при 11.5-12 В. Просто если без гистерезиса, то может получиться так что напряжение упало до 10.5 В - команда на выключение - через минуту напряжение поднялось до 10.6 - команда на включение, и так по кругу.