Странно, может конечно у кубитрака и у второго кубика разные модули в gpio, но почему так - хз, чип то один и тот же. Может конечно что-то поменяли т.к. gpio портов стало намного меньше, но имхо оставлять всю настройку программной намного лучше. Так что я не жалею что взял второй кубик, а не дождался выхода кубитрака.
В любом случае поздравляю со сдвигом с мертвой точки

Дерзайте, пробуйте.
Кстати по поводу ИК пульта, опять же в андроиде всё проще - там оно определяется сразу как клава, а соответствие кодов пульта и кнопок настраивается просто в текстовом файле.