Насчет линий SDA/SCL - надо их прозванивать на разъем VGA. Подписи на разъеме рядом с ним неправильные - они перепутаны местами.
Насчет кондера - да, возможно придется допаять. На плате такого кондера нет. Паяется сверху между землей и линией SDA.
Вот фотка из моего БЖ:

Тут виден серенький кондер, напаянный на однорядный разъем под разъемом VGA. Это линия SDA. Так же видно, что подписи перепутаны.
Еще рекомендация - первым делом в проге нажимаем на кнопку Open, предварительно выбрав нужный канал микросхемы FT2232, и потом - findDevices. Если хоть одно устройство изредка будет находить - мы на полпути к успеху. Ес-сно, моник при этом должен быть физически отключен от контроллера.
Далее, еще не подпаивая доп кондер, прижимаем пальцем линии программатора. И опять FindDivices. Возможно, устройств станет больше. Должно быть 3 или 4. Тогда точно знаем, что не хватает кондера. Припаиваем сначала 100 пик, и постепенно увеличиваем емкость, пока не станет стабильно определять все нужные устройства.
Только после этого уже можно переходить дальше - пытаться что-то оттуда вычитать или записать.