Как я понял геометрия картинки в порядке. Судя по дефекту, такое ощущение, что перепутаны разряды цветности. В свое время когда я только начинал работать с матрицами и подключал матрицу TTL RGB интерфейсом и разрядностью меньшей, чем контроллер, то я сделал ошибку, а именно подключение делал с младших разрядов и в результате старшие разряды контроллера остались свободными. Вот тогда у меня была такая же картинка. Когда же я подключил матрицу к контроллеру начиная со старших разрядов, а младшие оставил свободными, то картинка сразу приобрела нормальные цвета. Проверьте правильность подключения LVDS линий.
Вот почитайте довольно интересную статью, может чего в ней полезного найдете.