Спасибо за наводку, эту либу еще не пробовал.
Насчет GNSS Commander списался с автором и выяснил проблему. Конкретно в моем случае UART USB конвертер, а вернее, контроллер от YAM, выдает неопределенный vendor-ID 0xFFFF (vendor-ID самого GPS не проходит). Соответственно, андроид неопознанное устройство запомнить не может и каждый раз запрашивает разрешение заново. vendor-ID можно посмотреть в логе GC. Уважаемый YAM обещал мне сделать vendor-ID какой только захочу

Видимо, захочу 0x1546, как у оригинального u-blox.
Почему у вас USB u-blox косячит с vendor-ID, непонятно. Посмотрите лог, и смело связывайтесь с автором на его форуме. Он очень отзывчивый. Там последняя тема как раз по моей проблеме. Кстати, два раза у меня окно подтверждения появлялось, потому что сначала он реагировал на USB мышь (настоящую, не GPS).