есть интересная статья: http://www.thg.ru/storage/ssd_compact_flash/print.html
там говориться, что карточки ЦФ могут по разному восприниматься системой. могут как сьёмный диск, а могут и как обычные жосткие диски.
цитирую:
Эти карты предназначаются для компьютерных систем, и по умолчанию относятся к фиксированному типу. Но обычно они стоят дороже и, как правило, медленнее классических карт. К счастью, последнее поколение карт 266x (а именно, Transcend и A-DATA) с интерфейсом TrueIDE работают в фиксированном режиме.
конец цитаты.
может стоит попробывать заменить карточку наболее скоростную, получив и большую скорость чтения\записи, и отсутствие шаманских действий

при установке системы?
а насчёт ограниченого количества циклов записи на флешки - разве на них не распостраняеться гарантия?